施用生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤养分的利用效果。生物菌肥可在植物微生物代谢循环中起催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空隙空间，增加土壤生物活性，增强速效性养分的释放，有利于根系生长，提高植物的抗逆性。生物菌肥与有机肥配合使用效果最好，有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物，另外有机质是微生物的食物，土壤中有机质越多微生物才能活的更好！
有机物为有益微生物提供大量食物，有益微生物促进有机肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促进，取长补短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。
无机肥料是通过土壤中有机质的分解、转化、间接供作物吸收，而有机质的增加又促进土壤活性的增加，给微生物创造了生存活动、繁殖的空间，反过来生物菌的大量活动又激活了土壤活性，形成对土壤十分有利的良性循环。随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用，这样可减少化学肥的用量，提高肥效，降低成本。